山王社の起源説はいろいろとあり、其のいずれもが平安期までさかのぼり、江州坂本より勧請されたとものとある、大己貴命・大山咋命の二柱をお祀りし、国造りの神であるところから宮津藩守護神として歴代藩主の厚い崇敬を受けた。

境内には七社の神社があり延基式内社として、千有余年の歴史を持ち、旧城下においては最古の神社で主命、小彦名命をお祀りし、宮津西町の氏子とされている。

江戸時代に入り、歴代宮津藩主は山王宮を宮津の総氏神として藩の守護神とします。ご本殿や幣殿、そして神輿や石灯籠まで藩主により再建、造営され神域中心に主神として祀られます。それにともない式内・杉末神社は摂社として宮津西地区の守り神となります。江戸中期の文書では宮津の城下のほぼ全てが山王宮の氏子であるとされていますが、そうした中で続いてきましたのが例祭である山王祭です。
藩祭とされた山王祭は城下上げての大祭で武家、町民挙って参加し宮津祭と呼ばれる所以です。

山王宮日吉神社は宮津を統一する総氏神として城下町衆と共に様々な伝統儀式を執り行って今日に続いて来ました。宮津の町と山王宮は一体となって城下町独特の素晴らしい鯔背な祭文化を形作ってきたといえます。現在でも毎月初めの１日、また例祭日と同じ１５日には月次祭が執り行われ、宮津の平安を祈る儀式が変わらずに続けられています。